水性漆对存储和搬运方面有一些特殊的要求。因为水的本性致使水性漆对温度非常敏感，如果水性漆存储在零度以下的环境内，油漆的可溶解性就会发生变化，因而导致油漆中的一些重要成分发生沉淀。在这种情况下，水性漆会变得不均匀并可能会析出晶粒。即使对这样的水性漆再加热，也无法使其回复到均匀的状态，油漆的特性将会被彻底破坏。另一方面，由于油漆内含有水，水会对传统存储油漆的容器进行腐蚀，同时油漆本身容易受二价铁离子的影响而改变其流变性能。这就要求所有存储水性油漆的容器必须是不锈钢或者塑料制成。
温度条件为5～30℃，在运输过程中需要根据环境温度进行加热或冷却，进行运输的车辆必须能进行控温，水性漆存储区域和调漆间都必须其有温控功能。
通常来说，水性漆可以稳定地存放3个月，超过这一时间则需要对油漆进行重新评估，否则无法保证喷涂质量。具体的保存时间可能因不同的油漆供应商而略有不同。
对调漆间来说，环境温度应该控制在20～28℃，必要的时候可以使用热交换器来保持油漆温度。所以最佳的存储和运输方式就是让水性漆始终处于相对恒定的温度下，这样在添加新油漆的时候就不需要进行温度调整了。
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